Κλιματολογικό φαινόμενο που εμφανίζεται κάθε δύο έως επτά χρόνια και αφορά την ανατροπή της συνηθισμένης κίνησης του νερού και του ανέμου στις περιοχές του Ειρηνικού Ωκεανού πάνω και γύρω από τον ισημερινό· σε κανονικές συνθήκες, οι αληγείς άνεμοι χαμηλού υψομέτρου σπρώχνουν το ζεστό νερό της επιφάνειας του Ειρηνικού προς τα δυτικά, ενώ η ανατολική πλευρά του Ειρηνικού, στα βορειοδυτικά παράλια της Νότιας Αμερικής, ψύχεται από τα ψυχρά ύδατα του βυθού που αναδύονται, ώστε να αναπληρώσουν το νερό που συνεχώς μετατοπίζεται δυτικότερα· στη δυτική πλευρά του Ειρηνικού, όπου συσσωρεύεται όλη η θερμότητα, ο αέρας πάνω από τη θάλασσα θερμαίνεται, ανεβαίνει σε ανώτερα στρώματα της ατμόσφαιρας και ταξιδεύει προς τα ανατολικά (δηλαδή σε αντίθετη κατεύθυνση από τους αληγείς ανέμους χαμηλού υψoμέτρου), καθώς ψύχεται· ο παραπάνω φυσικός κύκλος του νερού και του ανέμου οδηγεί στις μεγάλες βροχοπτώσεις που συναντάμε συνήθως στην περιοχή της Ινδονησίας, καθώς και στα κρύα νερά των θαλασσών του Περού και των Νησιών Γκαλαπάγκος· το Ελ Νίνιο προκύπτει από την ανατροπή του παραπάνω κύκλου, καθώς οι άνεμοι χαμηλού υψομέτρου στον Ειρηνικό, γύρω από την περιοχή του ισημερινού, αλλάζουν πορεία και πνέουν από τα δυτικά προς τα ανατολικά, ενώ η στάθμη και η θερμοκρασία του νερού στην ανατολική πλευρά του Ειρηνικού ανεβαίνουν· το Ελ Νίνιο διαρκεί συνήθως αρκετούς μήνες, ξεκινώντας από την άνοιξη και φτάνοντας στην ακμή του τον Νοέμβριο και τον Δεκέμβριο· οι αιτίες του Ελ Νίνιο δεν είναι σαφείς, αλλά τα αποτελέσματά του είναι ορατά μέσα από αλλαγές στις καιρικές συνθήκες διαφόρων περιοχών του πλανήτη (π.χ.πλημμύρες στα νότια των Η.Π.Α., στην Κεντρική και Νότια Αμερική και αλλού, ξηρασία στην Νοτιοανατολική Ασία, στον Καναδά και αλλού)